Nikolai Nikolajevi juhitavas saates "Sõltumatu juurdlus" esitab oma versiooni Estonia hukust ajaloohuviline Jüri Liim, kes toetab võimalust, et 1994. aasta 28. septembris uputas Estonia kuritegelik grupeering, öeldi NTV produtsenditeenistusest BNS-ile.

Liimi versiooni kohaselt oli praamlaeva pardal hukuööl kaks suurt veokit, mille koormaks oli 40 tonni koobaltit. Üks veok oli tulnud Tallinnast ja teine Paldiskist. Peale selle oli Liimi väitel Estonia pardal 15 kg radioaktiivset laboratoorset osmiumi.

Estonia hukku uurinud komisjoni väitel hukkus laev tormise ilma ja liiga suure kiiruse tõttu, mis purustasid halvasti konstrueeritud vööriluugi. Vööriluugi lukud murdusid, luuk kukkus eest ära ja vesi tungis autotekile ning laev uppus paarikümne minutiga.

Estonia ehitajatehase Meyer Werfti uurimiskomisjoni versiooni kohaselt ei uppunud Estonia mitte konstruktsioonivea, vaid laevakeresse mingil põhjusel tekkinud augu tagajärjel. Tehase uurimiskomisjoni väitel oli Estonia enne mereleminekut halvasti hooldatud, vööriluugi lukud olid roostes ja pragusid täis ja halvasti tihendatud. Tehas süüdistab ka Estonia meeskonda oskamatus tegutsemises kriisiolukorras.

Ühe hukuversioonina on esitatud ka võimalus pommiplahvatusest. Vahetult enne Estonia kreeni kaldumist 1994. aasta 28. septembril kella 1.30 paiku kuuldi laeva vöörist pauku meenutavat heli. Hiljem roboti abil laevavrakist tehtud vidofilmilt on näha laevakere külge kinnitatud oranþikat eset, mida mõned spetsialistid on nimetanud lõhkeainepakikeseks. Seda versiooni on toetanud ka Estonia ehitanud Saksa laevatehas.

Kokkupõrkeversioon näeb ette võimaluse, et reisiparvlaev põrkas pimedal tormisel merel kokku pealvee- või allveelaevaga, mis tekitas laevakeresse augu. Selle versiooni levikule andis alust asjaolu, et üks kaubalaev jätkas Estonia hädakutsungi saamise järel oma teekonda ega tõtanud appi. Kokkupõrkeversioon ühtib suuresti Meyer Werfti väitega laevakeresse tekkinud august.

NTV esitatav maffiaversioon tekkis vahetult pärast Estonia hukku. See räägib rahvusvahelisest kuritegelikust grupeeringust, mis Estonia uputas. Versiooni levitas õnnetuse järel Venemaa salateenistuse kontrolli all olev keskus Feliks. Selle versiooni kohaselt üritas maffia Estonia pardal vedada Tallinnast Stockholmi suurt laadungit uimasteid või relvi, kuid püüdis Rootsi politsei kartusel oma lastist tormisel merel vabaneda. Maffia surve all avati vööriluuk, et laadung merre heita, kuid lained lõid vööriluugi eest ära ja laev uppus. Üllatuslikult esitas selle versiooni mõni aasta tagasi ka Saksa ajakiri Der Spiegel.